Hat hónappal az eredeti Yu-Gi-Oh! manga végét követően Yugi és barátai az érettségire készülnek, ami után végre kiléphetnek a nagybetűs életbe, ki-ki saját álmát hajszolván. Mindeközben Kaiba rábukkan az elveszettnek hitt Ezeréves Kirakóra, és szánt szándéka újra összerakni azt, mert úgy hiszi, ezzel feltámaszthatja a Fáraót, Átemet, és újra megküzdhet vele egy mindent eldöntő csatában. Azonban a színen feltűnik egy titokzatos fiú, Aigami, aki mindenáron meg akarja gátolni a Fáraó feltámadását, és ahhoz, hogy elérje célját, minden tőle telhetőt meg is tesz, az eszközök közötti válogatás nélkül.