A manga egy alternatív történetet mutat be az eredeti Yu-Gi-Oh! manga 278. fejezetét követően (az anime feldolgozásban ez a 144. rész), nem sokkal az után, hogy Yugi legyőzte Marik Ishtart. Maximillion Pegazus örökbefogadott fia és "tanítványa", Tenma Yakou bosszút esküszik Yugi ellen, akit mestere eltűnéséért okol. A Kaiba vállalat átvétele még csak a kezdet; Mazaki Anzu elrablásával Yugi és barátai kénytelenek belemenni Tenma játékaiba.